Первый профессор медицинского факультета (1764—1768) — доктор медицины Страсбургского университета И. Ф. Эразмус был профессором анатомии и хирургии. Он создал анатомический театр, но не имел своего лечебного учреждения. Его преемником стал С. Г. Зыбелин (1770—1775), который не был хирургом и преподавал теоретический курс. В дальнейшем Ф. Ф. Керестури — хирург по образованию — лекции по хирургии сопровождал демонстрациями на трупах; кроме того, он преподавал в университетской больнице, сам оперировал в госпитале. В начале девяностых годов его сменил В. М. Рихтер — профессор повивального дела. С 1804 по 1830 г. хирургию преподавал Ф. А. Гильтебрандт. Он организовал хирургическую клинику на 12 коек с операционной, которая соединялась с аудиторией. В 1835г. кафедра хирургии была разделена на умозрительную и операционную. Первую возглавил проф. А. А. Альфонский, вторую — проф. Ф. И. Иноземцев. Последний приблизил преподавание к клинике и даже допускал студентов к операциям «по степени их образованности».
В 1846 г. по инициативе Ф. И. Иноземцева на медицинском факультете Московского университета была произведена реорганизация преподавания хирургии и терапии. Для преподавания факультетской хирургии в помещении бывшего московского отделения Медико-хирургической академии на Рождественке была открыта клиника на 50 коек. Это дало возможность хорошо организовать преподавание и проводить достаточно широкую для того времени хирургическую работу. Ф. И. Иноземцевым в 1847 г. впервые в Москве был применен эфирный наркоз. Впервые в России он выполнил операцию по поводу косоглазия. В своих научных исследованиях Ф. И. Иноземцев пытался выяснить патогенез ряда хирургических заболеваний: заворота кишок, ущемленной грыжи, язвы желудка и др. В 1859 г. Ф. И. Иноземцев вышел в отставку.
В 1860г. заведующим кафедрой был избран проф. В. А. Басов, который возглавлял ее в течение 20 лет. В. А. Басов обладал виртуозной техникой производства различных операций и был энергичным исследователем. Одной из заслуг В. А. Басова является предложенная им и осуществленная на животных операция наложения желудочного свища (гастростомия) с целью изучения процесса пищеварения. Он высказал мысль о возможности применения этой операции на человеке при сужении пищевода. Первым в России он сделал трахеотомию и первым применил гипс для лечения переломов.
В 1880 г. кафедру возглавил проф. Н. В. Склифосовский, при котором клиника поднялась до уровня лучших европейских хирургических клиник. Но главной заслугой Н. В. Склифосовского в начале его деятельности является введение листеровского антисептического метода. В клинике стали производить экстирпацию гортани и языка при раке, струмэктомии, гастростомии, ушивание мочевого пузыря, операции по поводу мозговых грыж. Впервые в России Н. В. Склифосовский произвел овариэктомию по поводу кисты яичника, стал выполнять костно-пластические операции, в том числе операцию, известную под названием «замок Склифосовского», или «русский замок», для лечения ложных суставов. Первым в России Н. В. Склифосовский от листеровской антисептики переходит к асептике.
К концу 80-х гг. число больших операций в клинике значительно увеличилось. Старые помещения клиники уже перестали соответствовать новым требованиям. Благодаря энергии Н. В. Склифосовского были собраны средства на постройку клинического городка на Девичьем Поле. 19 октября 1890 г. там была открыта факультетская хирургическая клиника, где она размещалась до 1976 г.
В 1893 г. Н. В. Склифосовский оставил факультетскую хирургическую клинику в связи с переводом в Петербург на работу в Институт для усовершенствования врачей (ныне ГИДУВ им. С. М. Кирова). Его преемником на кафедре в 1893 г. стал талантливый хирург, клиницист, талантливый организатор А. А. Бобров, который подчинил весь уклад работы клиники преподаванию. Большинство операций производилось в специальной аудитории-операционной. Кроме аудитории была так называемая малая операционная — лапаротомная.
К концу 1898 г. по инициативе А. А. Боброва было выстроено и хорошо оборудовано новое здание амбулатории, соединенное коридором со зданием клиники. В амбулатории были организованы аудитория, операционная для приходящих больных, лаборатория, зубоврачебный и массажный кабинеты. А. А. Бобров создал при клинике библиотеку и музей, которым уделял очень много внимания, собрал большую коллекцию препаратов, рисунков, фотографий. Уже через год после открытия рентгеновых лучей им был организован в клинике первый в России рентгеновский кабинет.
Широко использовались в клинике эндоскопические методы исследования: цистоскопия, эзофагоскопия, ректоскопия, введенные в практику С. П. Федоровым. В клинике производились самые разнообразные оперативные вмешательства: пластические операции на лице, струмэктомия, гастроэнтеростомия, аппендэктомия, грыжесечение, удаление эхинококковых кист печени, нефрэктомия и др. В 1901 г. на съезд российских хирургов клиника представила по тому времени самый большой в России материал по операциям на желудке.
В 1906 г. заведующим кафедрой стал проф. И. К. Спижарный. При нем была переоборудована операционная; в перевязочной устроены приспособления для эндоскопии; организована фотографическая комната. Выделено помещение для микроскопической лаборатории, создана специальная экспериментальная лаборатория с операционной и помещением для животных. Большое внимание И. К. Спижарный уделял музею — патологоанатомическим препаратам. К концу его заведования в музее было 1000 препаратов и богатейшие альбомы. За 18 лет заведования им кафедрой в клинике выполнено 6000 операций, осуществлены капитальные исследования в ряде областей хирургии.
